O PROT-AML tem como funções principais traduzir, em termos espaciais regionais, os grandes objectivos de desenvolvimento formulados no Programa Nacional da Política de Ordenamento do Território (PNPOT) e no Quadro de Referência Estratégico Nacional (QREN). Operativamente, estabelece as grandes orientações para o ordenamento e ocupação urbanística do território metropolitano, define as redes regionais de infra-estruturas e transportes, da estrutura ecológica fundamental e do sistema urbano, constituindo-se como quadro de referência para a elaboração dos planos municipais de ordenamento do território.

O processo de alteração ao PROT-AML, aprovado em 2002, surge num contexto de decisão política de lançamento de investimentos fortemente reestruturadores do território metropolitano, como o Novo Aeroporto de Lisboa, a Nova Travessia do Tejo, a Rede Ferroviária de Alta Velocidade e as novas plataformas logísticas.

O CEDRU integrou uma ampla equipa multidisciplinar estando particularmente envolvido nas temáticas do sistema urbano, da habitação e dos equipamentos colectivos e na definição do modelo territorial. Pretendeu-se com este novo PROT contribuir para o reforço da armadura urbana metropolitana, promovendo o policentrismo às mais diversas escalas, pugnando por um reequilíbrio urbano-funcional entre as duas grandes unidades territoriais: a Grande Lisboa e a Península de Setúbal.